Dopo essere state colonie portoghesi sin dal 1522 e province d’oltremare successivamente, le due isole di São Tomé e Príncipe adottarono la bandiera del Movimento di liberazione locale che aveva guidato la lotta per l’indipendenza del Paese, divenuto Repubblica indipendente dal 1975. I colori sono quelli tradizionali panafricani. Le due stelle nere a cinque punte sono il simbolo delle due isole che costituiscono la Nazione e della loro popolazione.